سازماندهی فکری مکتب شیعه، ایجاد تشکل و وحدت افراد، گشودن باب اجتهاد و توجه دادن به اهل بیت علیهمالسلام از جمله اقدامات مهم حضرت امام جعفر صادق در دوران امامت ایشان است.